Фамилия Бородько образована от прозвища Борода, которое давали человеку, носившему длинную или заметную бороду. В основе лежит украинская модель фамилий с суффиксом -к-, характерная для восточнославянских земель: Бородько — это «маленький бородатый» или «сын Бороды». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Бородин), украинская форма на -ко часто указывала на молодого человека или подмастерье, а позже закрепилась как полноценная фамилия.

До реформ Петра Великого борода на Руси была не просто деталью внешности, а символом мужской чести и зрелости. Сербы, например, касались монетой бороды, желая, чтобы денег было столько же, сколько волос, а македонцы, продав скотину, чесали монетой бороду с приговором: «Сколько волос в этой бороде, столько пусть будет благополучия и изобилия». Такие обычаи показывают, насколько глубоко борода была связана с представлениями о достатке и удаче.

Прозвище Борода могло принадлежать человеку любого сословия — от крестьянина до боярина, пока Пётр I не ввёл европейские порядки и не обложил бороды налогом. После этого прозвище Борода, изначально бывшее дополнительным именем, постепенно вытеснило наследственное имя в повседневной и официальной жизни, дав начало фамилиям вроде Бородько.

Учитывая суффикс -ко, фамилия Бородько наиболее распространена в Украине и среди украинской диаспоры. Встречаются и варианты написания — Бородько, Бородко, но форма с мягким знаком (Бородько) указывает на украинское происхождение, где -ько часто обозначает уменьшительность или принадлежность.

Споров о происхождении фамилии практически нет: все исследователи сходятся на том, что корень — «борода», а модель образования типична для украинской ономастики. Другие версии (например, от имени Борис или от географического названия) маловероятны, так как не объясняют характерного суффикса и прямого значения прозвища.