Фамилия Бородушкин — из тех, где в основе лежит не имя, не ремесло, а деталь внешности. Прародитель её носителей был человеком с небольшой бородой, которую в народе ласково называли «бородушка». Именно от этого прозвища, а не от слова «борода» напрямую, и пошла фамилия. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк- здесь ключевой: он не просто смягчает слово, а меняет смысл. Прозвище Бородушка давали не обладателю окладистой лопаты, а тому, у кого борода была скромной, аккуратной, возможно, только пробивающейся. Это мог быть и молодой человек, и пожилой крестьянин с жидкой бородёнкой — контекст утрачен, но оттенок уменьшительности остался.

Словообразовательная модель проста и типична для русского севера и центральных областей: прозвище на -ушка (Бородушка) → фамилия на -ин. Суффикс -ин, а не -ов, потому что основа оканчивается на -а: Бородушк-ин. Такая модель характерна для так называемых «малых» фамилий, которые часто возникали в крестьянской среде и фиксировали не родовое имя, а бытовое прозвище, данное односельчанами.

В словаре В. И. Даля, помимо основного значения, «борода» обозначает ещё и «среднюю часть нижней челюсти, под губами; подбородок». Это придаёт прозвищу дополнительный оттенок: Бородушкой могли назвать человека с заметным, выдающимся подбородком. То есть фамилия может указывать не на волосяной покров, а на форму лица. Обе версии правдоподобны, и, скорее всего, в разных семьях Бородушкиных корни прозвища были разными.

Фамилия не относится к числу распространённых, но встречается в нескольких регионах, в основном в Поволжье и на Урале. Это косвенно подтверждает её крестьянское происхождение: в этих краях фамилии на -ин часто закреплялись за бывшими государственными крестьянами. Сословной элиты среди Бородушкиных не было — это фамилия простых людей, чьё прозвище со временем стало официальным родовым именем.