Фамилия Бортохов необычна тем, что её основа почти наверняка не славянская, а тюркская или монгольская. Если отбросить фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?», «чей потомок?»), мы получаем корень «Бортох». Такое слово могло быть прозвищем или именем, бытовавшим у бурят, калмыков или других народов Центральной Азии.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским или монгольским словом, означающим «серый», «сивый» или «мутный». В бурятском языке есть слово «борто» (мутный, нечистый), которое могло стать основой для личного имени-оберега. У многих народов ребёнку давали имя с отрицательным оттенком, чтобы обмануть злых духов — мол, ребёнок не ценен, некрасив, поэтому его не заберут. Со временем такое имя-оберег закрепилось как родовая фамилия.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с монгольским «борт» (пленник, раб). В таком случае прозвище Бортох мог получить человек, попавший в зависимость, или, наоборот, освободившийся из плена. Однако фонетическая форма «Бортох» с конечным «х» ближе к бурятским диалектам, чем к классическому монгольскому.

Географически фамилия Бортохов почти наверняка привязана к Бурятии, Иркутской области или Забайкалью. Суффикс -ов в русской записи указывает на то, что фамилия была русифицирована при фиксации в документах — скорее всего, в XIX веке, когда бурятские имена и прозвища массово записывали в метрические книги по русскому образцу. Поэтому предки современных Бортоховых могли быть скотоводами, охотниками или казаками из азиатской части России, а сама фамилия сохранила память о древнем прозвище, которое уже несколько поколений воспринимается просто как фамильное имя.