Фамилия Бортовая — женская форма, а в основе лежит мужская фамилия Бортовой. Это типичная «профессиональная» фамилия, образованная от названия занятия. В русском языке слово «борт» многозначно, и фамилия могла возникнуть в нескольких не связанных друг с другом местах и социальных средах.

Самая прямая версия — от бортника, то есть человека, занимающегося бортевым пчеловодством. Бортью называли дупло в дереве, где жили дикие пчёлы, или специально выдолбленное в стволе углубление для улья. Бортник добывал мёд и воск, лазил по деревьям, метил борти. Эта профессия была особенно распространена в лесных районах — на севере Руси, в Поволжье, в бассейне Оки. Фамилия Бортовой могла закрепиться за сыном или работником бортника. Суффикс -ов(-ой) указывает на принадлежность: «чей?» — Бортовой, то есть «из семьи Борта» или «относящийся к борту».

Вторая версия — морская или речная. Борт — это боковая часть корабля, судна. Прозвище Борт могли дать плотнику, который обшивал борта, или матросу, который стоял «на борту». Но здесь важна оговорка: в русской ономастике фамилии, образованные от частей корабля, редки и чаще встречаются у поморов или казаков. Для центральной России версия с бортником правдоподобнее.

Третья, менее очевидная возможность — прозвище по одежде. В старину «бортом» называли отворот одежды, нашивную планку с петлями для пуговиц. Портной, который шил особенно ладные борта, или человек, носивший необычный кафтан с широкими бортами, мог получить такое прозвище.

Географически фамилия Бортовой/Бортовая не привязана к одному региону. Встречается и в центральных областях, и на юге России, и в Сибири — там, куда переселялись крестьяне-бортники. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Борт, от которого позже и пошли Бортовы. Сословно — почти всегда крестьянская или однодворческая, реже — купеческая.

В современном написании важно не путать с фамилией Бортова: ударение в мужском варианте может падать как на последний слог (Бортово́й), так и на первый (Бо́ртов). Форма Бортовая — женская, и ударение в ней обычно сохраняется по родовой традиции.