Фамилия Бортукова — женская форма от Бортуков, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Основа здесь неочевидна на первый взгляд, и это как раз тот случай, когда у фамилии может быть несколько версий происхождения, причём одна заметно правдоподобнее другой.

Самая вероятная версия — от прозвища или нецерковного имени Бортук. В русских говорах «борть» — это дупло, в котором живут дикие пчёлы, а «бортник» — пчеловод, добывающий мёд из таких дупел. Бортуком могли назвать человека, который занимался бортничеством, то есть лесным сбором мёда. Это древний промысел, особенно распространённый в лесных зонах нынешних Беларуси, Брянской и Смоленской областей. Суффикс -ук/-юк характерен для украинской и белорусской ономастики: он указывает либо на принадлежность (сын бортника), либо на носителя признака. То есть Бортук — «тот, кто связан с бортью», а Бортуков — «сын Бортука».

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского корня. В ряде тюркских языков «борт» или «бөрт» может означать «волк» или «хищник», а суффикс -ук/-ук — уменьшительный. Тогда Бортук — «волчонок» или «зверёныш». Такое прозвище могли дать за характер или внешность. Однако географически фамилия Бортуковы встречается в основном в центральных и западных регионах России, где тюркское влияние слабее, чем пчеловодная традиция. Поэтому версия с бортничеством выглядит убедительнее.

Фамилия редкая: в открытых данных её носителей немного, и они сосредоточены в основном в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях. Это косвенно подтверждает южнорусский или украинский след, где суффикс -ук обычен. Встречается и вариант Бортюков — с тем же корнем, но другим суффиксальным оформлением.

Словообразовательная модель проста: прозвище Бортук + патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бортуко́ва, хотя в разговорной речи возможны колебания. Социальный статус предков, если верить версии с бортничеством, — скорее всего, крестьяне или ремесленники, занимавшиеся лесным промыслом. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.