Фамилия Бортина — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на принадлежность отцу (как в фамилиях типа Иванов или Петров), а на прозвище матери. Такие «матримониальные» фамилии давали детям, выросшим без отца, или тем, кто был известен в округе именно по матери. Соответственно, Бортина — это «жена Борта» или «дочь Борты». В основе лежит прозвище Борта, которое могло относиться к человеку с характерной внешностью или поведением.

Само слово «борть» в русских говорах означало дупло в дереве, где живут дикие пчёлы, а также улей-колоду для бортничества — старинного лесного промысла. Прозвище Борта могли дать угрюмому, замкнутому человеку (как дупло — тёмное и скрытое) либо, наоборот, пчеловоду-бортнику. Однако вторая версия вероятнее: бортничество было распространено в лесных регионах Северо-Восточной Руси (Вятка, Пермь, Новгородчина), и прозвище по ремеслу легко переходило в фамилию. Учитывая, что фамилия оформилась в женском роде, можно предположить, что родоначальницей была вдова или одинокая женщина, которую в деревне знали как «Бортину жену» или «Бортину дочку».

По модели образования фамилия Бортина стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Губина, Лыткина, Шишкина — все они образованы от прозвищ через суффикс -ин, но в женской форме. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии иногда закреплялись за крестьянками, которые вели хозяйство без мужчины, или за незаконнорождёнными детьми, записанными по матери. В современной России фамилия встречается редко, в основном в центральных и северных областях, что косвенно подтверждает связь с бортническими регионами.

Если у фамилии есть ударение на первый слог (Бо́ртина), это подчёркивает связь с «бортью»; если на второй (Борти́на) — возможно, в основе лежало имя Борт, которое могло быть сокращением от крестильного имени Альберт или Роберт в западных губерниях, но эта версия менее убедительна из-за географической привязки фамилии к русскому Северу.