Фамилия Боруниев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ов/-ев, который обычно присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный или -й. Здесь мы видим суффикс -ев, но основа «Боруний» звучит нерусски.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища или имени Боруний. В русском языке такого имени нет, зато оно встречается в латинской традиции. Боруний (Borunius) — это латинизированная форма, которую могли дать в семинарии или духовном училище. В XIX веке будущим священникам часто меняли фамилии на «благозвучные» латинские или греческие. Исходная фамилия могла звучать как Борунов или Борун, а в семинарии её переделали в Боруниев — по модели «латинское имя + русский суффикс -ев». Такая практика была распространена: скажем, фамилия Введенский образована от праздника, а Боруниев — от редкого латинского корня.

Что могло значить слово «борун» до семинарской переделки? В русских говорах «борун» — это тот, кто борует, то есть бурит, сверлит, копает. В некоторых диалектах «боруном» называли упрямого, настойчивого человека. Встречается и вариант «борун» как название растения (борщевик) или инструмента. Но прозвище Борун — скорее всего, от глагола «бороть» (бороться, одолевать). В таком случае Борун — это борец, сильный человек.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия связана с географическим названием. В Польше и Беларуси есть местечки Боруны (например, Боруны в Гродненской области). Если предки носили прозвище «борунец» (житель Борун), то фамилия могла принять форму Боруниев через суффикс принадлежности. Однако это спорно, так как для таких случаев типичнее суффикс -ский (Борунский).

Фамилия Боруниев — почти наверняка искусственная, семинарская. Носители её, скорее всего, происходят из духовного сословия. Встречается она крайне редко, сосредоточена в центральных губерниях России. В словарях русских фамилий (например, у Унбегауна) она не упоминается, что подтверждает её локальный и поздний характер.