Фамилия Боруновы образована по самой распространённой в русском языке модели — от прозвища с помощью патронимического суффикса -ов. Это означает, что основателем рода был человек по прозвищу Борун. Искать корень фамилии стоит в глаголе «бороться»: в старом значении он описывал не спор, а физическую борьбу, единоборство. Боруном могли назвать силача, охотника помериться силой, того, кто «осиливает в борьбе, валяет, ломает, бросает наземь». Прозвище звучало уважительно и указывало на заметную черту характера или ремесло, связанное с грубой физической работой.

Существует и менее вероятная версия, привязывающая прозвище к топониму Боруны — местечку в Виленской губернии. Но для русской фамильной модели, где на первом месте стоит личное имя или прозвище, а не название места без суффикса принадлежности, объяснение через «бороться» выглядит естественнее.

Иногда фамилию путают с однокоренной фамилией Бурунов. Разница в корневой гласной принципиальна: Бурун — от слова «бурун» (пурга, метель, а также годовалый бычок или множество чего-то). Для Борунова же основа — именно «бор-» с «о», что возвращает нас к борьбе, а не к стихии или скоту. Путаница могла возникнуть из-за акающих говоров, где в безударной позиции «о» и «а» звучали одинаково, но на письме различие сохранялось.

Точное время появления фамилии Боруновы установить сложно: массовое закрепление фамилий у крестьян и мещан происходило в XVIII–XIX веках, но прозвища, лёгшие в основу, могли быть на несколько столетий старше. Сейчас фамилия встречается нечасто, преимущественно в центральных и северных областях России.