Фамилия Борунина — женская форма, а мужская — Борунин. Она образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -а или -я с помощью суффикса -ин. Это значит, что в основе лежит имя или прозвище Боруня. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Корень «бор-» в русских прозвищах и именах многозначен. Самое прямое объяснение — связь со словом «бор» (сосновый лес). Боруней могли прозвать человека, жившего в бору, лесника или того, кто занимался заготовкой леса. В говорах слово «борун» иногда означало упрямого, настойчивого человека («прёт, как борун»). Есть и другая версия: Боруня — это уменьшительная форма от крестильного имени Борис (в народном произношении — Борис, Боря). Суффикс -ун- в русских прозвищах часто придавал оттенок действующего лица: «борун» — тот, кто борется, настаивает, или же, наоборот, борется с кем-то.

В ономастике фамилия Борунин не относится к редким, но и не является массовой. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о прозвище по месту жительства: эти регионы исторически богаты сосновыми борами. Вариант написания с одной «н» (Борунин) — единственно верный для исконно русской фамилии, в отличие от украинских или белорусских фамилий на -енко, где удвоение могло бы быть уместным.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Борунин стоит в одном ряду с Боровым, Боровиковым, Бородулиным, но отличается именно моделью на -уня. Такие формы часто возникали в крестьянской среде как ласкательные или ироничные прозвища. То есть предок носителя фамилии мог быть не просто жителем бора, а человеком с характером — упёртым, «борунистым».