Фамилия Бовтько звучит как уменьшительная форма, и это не случайность. Суффикс -ко в украинской ономастике — один из самых распространённых. Он превращает личное имя, прозвище или название профессии в фамилию, часто с оттенком родства или принадлежности: буквально «маленький Бовть» или «сын Бовтя». Такая модель типична для Поднепровья, Полтавщины и Слобожанщины, где фамилии на -ко (Таращенко, Шевченко, Бовтько) встречаются на каждом шагу.

Основа Бовть — это не каноническое имя, а прозвище. В украинских говорах «бовть» или «бовт» имело два значения. Первое — звукоподражательное: так передавали звук падения в воду, хлюпанье, бульканье. Второе, переносное, — так могли назвать неуклюжего, неповоротливого человека, который «бовтается» (болтается, мешает) или ходит вразвалку. Есть и третий, более редкий вариант: в некоторых диалектах «бовть» — это колышек или короткий шест, которым мешают в бочке, то есть прозвище могло относиться к высокому и худому человеку.

Поскольку фамилия образована по отческой модели (суффикс -ко указывает на сына), предок носителя звался Бовть. Это мог быть человек с заметной внешностью или повадками, которого так окрестили в шутку или за глаза. Сословных барьеров такая фамилия не ставила: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. В реестрах Войска Запорожского встречаются похожие прозвища, но сама фамилия Бовтько, судя по всему, закрепилась на территории современной Центральной и Восточной Украины, а затем вместе с миграциями XIX–XX веков разошлась по другим регионам.

В написании фамилии есть одна особенность: мягкий знак после «т». В украинском языке он указывает на смягчение согласного, и произносится фамилия как «Бо́втько» с ударением на первый слог. В русскоязычной среде ударение иногда смещают на второй слог, но исходный вариант — именно с ударным первым слогом. Родственными по корню можно считать фамилии Бовт, Бовтенко, Бовтун, а также более редкие Бовть и Бовтюк — все они восходят к тому же прозвищу.