Фамилия Бойко — одна из самых распространённых на юго-западе России и Украине, и её происхождение не сводится к единственной версии. Чаще всего её связывают с прозвищем, которое давали расторопному, ловкому и находчивому человеку, — то есть «бойкому». Однако есть и другие, не менее убедительные объяснения.

Самый весомый пласт значений лежит в этнической плоскости. Бойками называют этнографическую группу украинцев-горцев, издавна живущую на северных и южных склонах Карпат — между реками Уж и Сан на западе и Лимница и Тересва на востоке. Происхождение самоназвания «бойки» спорно: одни учёные возводят его к белым сербам, другие — к кельтскому племени бойев. В любом случае прозвище Бойко могло прямо указывать на этническую принадлежность основателя рода — человека из этого горного региона. Большинство бойков до сих пор проживает на своей исторической территории, что делает эту версию географически конкретной.

Нельзя сбрасывать со счетов и профессиональную гипотезу. В архангельских говорах «бойником» называли забойщика, который бил рыбу острогой. Если предок Бойко занимался таким промыслом, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий. Правда, эта версия менее популярна, так как основная масса носителей фамилии исторически сосредоточена на Украине, а не на Русском Севере.

Есть и редкая версия, связывающая фамилию с личным именем. Бойко могло быть уменьшительной формой болгарского мужского имени Боил. Его корень восходит либо к общеславянскому «бой», либо к глаголу «бояться» — в последнем случае имя было пожелательным: «пусть его боятся». Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается не только у украинцев, но и у болгар, и у белорусов.

Как бы то ни было, прозвище Бойко закрепилось за человеком, а затем перешло к его потомкам без дополнительных суффиксов — по распространённой украинской модели на -ко. Фамилия не получила типичного русского окончания -ов или -ин, потому что оформилась именно в той среде, где суффикс -ко был нормой.

Письменные источники фиксируют фамилию с первой половины XVII века. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упомянут Бойков Богдан, посадский человек, 1624 год, Вязьма. Поздние архивные записи подтверждают широкое расселение носителей фамилии. В Книге памяти Читинской области значится Аверьян Григорьевич Бойко (р. 1890, село Белки Киевской губернии). В Книге памяти Бурятии — украинец Василий Григорьевич Бойко (р. 1895, село Большая Яблоновка Смелянского района). В белорусском «Мемориале» записан белорус Константин Григорьевич Бойко (1901–1938) из деревни Сытенец Минской области. В Книге памяти Ставропольского края — Максим Семенович Бойко (р. 1895, село Бурун-Маджары), а в Книге памяти Красноярского края — украинец Максим Тарасович Бойко (р. 1900, станица Петровская Харьковской губернии). Как видно, фамилия встречается и у украинцев, и у белорусов, и у русских, что лишний раз говорит о её сложной, многослойной истории.