Фамилия Божеканов — один из тех случаев, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. В ней отчетливо видна тюркская модель образования: основа + суффикс -ан + русский патронимический суффикс -ов. То есть перед нами не просто «чей-то сын», а сын человека по имени или прозвищу Божекан (или Божек). Такой двойной суффикс характерен для фамилий, возникших в среде, где тюркские имена адаптировались к русской системе: сначала тюркское имя получало аффикс принадлежности, а потом уже оформлялось по-русски.

Корень «Божек» или «Боже» не стоит путать со славянским «бог». Скорее всего, он восходит к тюркскому bözäk или božek — в разных диалектах это слово означало «красивый», «нарядный», «украшенный». В казахском, башкирском и татарском языках есть близкие формы: бөжек (узор, орнамент) или бозек (светлый, чистый). Имя Божекан, таким образом, могло быть пожелательным: «красивый, как узор», «сияющий». Встречаются и варианты Божекбай, Божекбала — все они указывают на восточное происхождение.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской, Челябинской областям и Башкортостану — регионам, где веками жили башкиры, татары и казахи. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Божекановы записаны как «тептяри» или «башкиры-вотчинники» — то есть не крепостные, а лично свободные, платившие ясак. Это сразу отсекает версию о русском происхождении: фамилия не из священников и не из дворян, а из податного, но независимого сословия.

Интересно, что ударение в фамилии плавает. В русской традиции чаще говорят Божека́нов, но в тюркской среде — Божека́н или даже Божекáн (с ударением на последний слог). Это не ошибка, а след билингвизма: фамилию произносили так, как привыкли в семье, а при записи в паспорт фиксировали один из вариантов.

Если сравнивать с однокоренными, то Божеканов — более редкая форма, чем Божеков или Божеев. Встречается она в основном в виде единичных семей, не образуя больших гнезд. Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть от прозвища конкретного человека, а не от массового имени. Вполне вероятно, что первый Божекан был мастером-орнаментальщиком, резчиком или ткачом, чье прозвище закрепилось за потомками.