Фамилия Брандукова — женская форма, а её мужской вариант Брандуков. В основе лежит прозвище Брандук. Самая вероятная версия связывает его с немецким глаголом branden — «разбиваться с шумом (о волнах)», «бушевать, разбушеваться». Если это так, прозвище могли дать человеку с неспокойным, бурным нравом или тому, чья жизнь была неразрывно связана с морем. Есть и другая, менее распространённая гипотеза: от испанского brandal — «верёвочный трап». В пользу обеих версий говорит то, что основатель рода Брандуковых вполне мог быть моряком, а прозвище — отражать его профессию или характерную черту.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: к основе Брандук добавился суффикс принадлежности -ов, а затем и окончание, указывающее на женский пол. Суффикс -ук в прозвище (Брандук) нередко встречается в украинских и белорусских говорах, поэтому географически фамилия могла зародиться на юго-западе России или в Малороссии, где такие модели словообразования особенно распространены.

Таким образом, фамилия Брандукова донесла до нас память о предке, которого окружающие выделили либо за шумный, кипучий характер, либо за связь с морским делом — будь то служба на корабле или работа с такелажем.