Фамилия Братухин образована не от крестильного имени, а от прозвища, что характерно для большой группы русских фамилий. Основа — слово «братуха». В разных говорах так называли не только родного или двоюродного брата, но и сводного брата, а в переносном смысле — просто близкого друга, товарища. Поэтому прямое значение прозвища — «брат» или «братан».

Скорее всего, прозвище Братуха давали сироте, которого воспитывал старший брат, или человеку, заменившему кому-то брата. Иногда так могли назвать и того, кто постоянно обращался к другим «братуха», то есть панибратствовал. Точную причину сейчас установить трудно.

Фамилия Братухин зафиксирована в документах XVII века. У С. Б. Веселовского в «Ономастиконе» есть запись: Братухин Никита Никифоров, 1638 год, Москва. Это одна из ранних фиксаций фамилии, причём в столице, что говорит о её распространённости уже в то время.

По модели образования фамилия типична: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Братухи). Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей, реже — у служилых. Дворянской фамилией Братухины не были.

В написании фамилии встречается вариант Братухин (с ударением на «у»). Родственные фамилии — Братухин, Братушкин, Братов. Все они восходят к одному корню, но с разными суффиксами.

Говорить о точном месте возникновения фамилии сложно: процесс формирования фамилий шёл несколько столетий, и носители прозвища Братуха могли появиться в разных регионах независимо друг от друга.