Фамилия Брату — редкий случай, когда русская по форме фамилия почти наверняка имеет нерусское происхождение. В ней нет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ев, -ин), который превращает имя или прозвище в фамилию. Окончание «-у» совершенно нехарактерно для восточнославянской модели, зато указывает на украинские, белорусские или, что вероятнее, молдавские и румынские корни. В румынском и молдавском языках «брат» звучит как «frate», но существует и слово «brat» в значении «брат», которое могло лечь в основу прозвища или имени. Фамилия Брату могла возникнуть как усечённая форма от более длинных румынских фамилий вроде Братулеску или Братеску, где «-у» — это архаичный или диалектный вариант окончания, либо как самостоятельное прозвище, данное человеку, который был особенно близок с братом, заменил его или, наоборот, враждовал с ним.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований, связывает фамилию с южнославянскими языками. В сербском, болгарском и македонском «брат» звучит как «брат» или «брате», а суффикс «-у» может быть остатком звательной формы (обращения). То есть Брату могло быть не фамилией в современном смысле, а прозвищем-обращением, которое закрепилось за человеком: «Эй, Брату!» — так могли звать того, кто постоянно называл всех «братом» или сам был для всех как брат. Такой тип прозвищ встречается в балканских регионах, откуда носители могли переселиться в южные области Российской империи.

Третья, самая простая версия — что фамилия Брату является результатом искажения или адаптации при переписи. В XIX веке при записи фамилий чиновники часто коверкали окончания на слух. Человек по прозвищу Брат мог получить в документах форму «Брату» вместо привычного «Братов» или «Браткин». Такая ошибка закреплялась и передавалась потомкам. Вероятность этого невелика, но полностью исключать её нельзя, особенно если фамилия встречается в центральных русских губерниях, где румынское влияние минимально.

Сегодня фамилия Брату встречается нечасто, в основном — в Молдове, на юго-западе Украины, в Приднестровье, а также среди потомков переселенцев в России. Её носители могут быть потомками молдавских крестьян, болгарских колонистов или запорожских казаков, имевших связи с Балканами. Однозначно ответить, откуда именно пошла фамилия у конкретной семьи, можно только по семейным преданиям и географии предков, но лингвистически её корни лежат за пределами Великороссии.