Фамилия Брейгина — женская форма фамилии Брейгин, и её разумнее рассматривать через мужской вариант. Основа фамилии — Брейга. Это прозвище или дохристианское имя, которое звучит непривычно для русского уха, но имеет чёткую географическую и этническую привязку. Слово «брейга» не встречается в древнерусских памятниках, зато хорошо известно в литовском языке: breiga означает «бродяга», «шатун», «тот, кто много ходит». В польском есть схожее brejka — «плакса» или «нытик». Скорее всего, фамилия Брейгин/Брейгина возникла на западнорусских землях, в зоне контакта с балтийскими и польскими говорами — на Смоленщине, в Беларуси или на Брянщине, где такие заимствования в прозвищах были обычным делом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Брейгин — «сын Брейги» или «человек из рода Брейги». Модель образования типична для русских фамилий, но основа выбивается из славянского лексикона. Второй возможный, но менее вероятный вариант — что Брейга восходит к немецкому Breige (диалектное «каша» или «месиво») и попала в Россию через еврейские или немецкие переселенческие общины. Однако в таком случае фамилия чаще писалась бы через «г» твёрдое или с окончанием -ер, а не -ин. Поэтому балтийский след выглядит убедительнее.

Носители фамилии Брейгина встречаются сегодня в основном в центральной России и Поволжье, что говорит о миграции с запада в более поздние века. Сословно предки могли быть крестьянами или мещанами — прозвище, данное за характер или поведение, редко получали дворяне. Если исходное прозвище означало «бродяга», то первый Брейга мог быть неоседлым человеком, странником или просто непоседой. Если же польская версия верна — «плакса», то прозвище дали капризному или чувствительному ребёнку. В любом случае, фамилия Брейгина — редкий пример того, как в русской антропонимике закрепилось слово из соседнего языка, не переведённое и не переосмысленное.