Фамилия Брюковкина — женская форма фамилии Брюковкин, и её происхождение надёжнее всего связывать с названием растения — брюква. В русских говорах брюквой называли корнеплод, широко распространённый в крестьянском хозяйстве. Прозвище Брюква или Брюковка могли дать человеку за любовь к этой еде, за круглую форму головы или фигуры, а иногда — в насмешку над медлительностью (брюква тугая на всход). От такого прозвища и пошла фамилия.

Словообразовательная модель в Брюковкине не самая частая. Обычно фамилии от названий овощей образуются через суффикс -ов (Брюквов) или -ин (Брюквин). Здесь же мы видим суффикс -к- (Брюковка), а затем уже фамильный суффикс -ин. То есть исходным было не прозвище Брюква, а уменьшительное Брюковка — «маленькая брюква» или «человек, похожий на брюкву». В некоторых южнорусских и украинских говорах брюквой называли репу, а в псковских и тверских — ещё и толстую, неуклюжую женщину. Так что прозвище могло относиться и к женщине, но фамилия закрепилась за потомками мужчины по отцу — Брюковкин сын.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России, особенно в бывших Рязанской и Тамбовской губерниях, где брюква была обычной огородной культурой. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и однодворцев с этой фамилией — например, в переписных книгах Шацкого уезда. Дворянских родов Брюковкиных нет: фамилия осталась крестьянской и мещанской, что подтверждает её «земледельческое» происхождение.

Редкий суффикс -овк- в основе фамилии (Брюковк-ин) иногда путают с более частыми -ов- и -ев-. Но именно эта деталь отличает Брюковкина от однокоренных Брюквовых и Брюквиных. Если бы фамилия произошла от названия деревни Брюковка (такие есть в Калужской и Смоленской областях), то на конце было бы -ский, а не -ин. Значит, перед нами именно прозвищная, а не топонимическая фамилия.