Фамилия Бубенщикова — женская форма распространённой фамилии Бубенщиков. В её основе лежит прозвище Бубенщик, которое в старину имело три разных значения. Чаще всего так называли мастера, который делал бубны — ударные музыкальные инструменты. Такое ремесло было востребованным: бубны использовали скоморохи, в народных гуляньях и церковных шествиях. Второе значение — насмешливое: «бубенщиком» могли прозвать болтуна или человека, который невнятно, монотонно бормочет, то есть «бубнит». Третье, менее известное, — разорившийся бедолага, промотавший состояние (здесь сработала ассоциация с пустым, звенящим бубном, в котором ничего нет). Потомки такого человека получали фамилию по отцу: сначала Бубенщиков сын, затем просто Бубенщиков, а для женщин — Бубенщикова.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -щик- указывает на род занятий (ср. барабанщик, гармонщик), а окончание -а — на принадлежность к женскому роду. Фамилия относится к типичным «профессиональным» русским фамилиям, которые закрепились в XV–XVII веках. Интересно, что среди однокоренных встречаются Бубенцов, Бубеннов и Бубнов — все они восходят к тому же корню «бубен», но с разными суффиксами. Географически фамилия чаще встречается в центральных и северных регионах России, где было развито ремесленное производство музыкальных инструментов.