Фамилия Будакова — женская форма фамилии Будаков, которая образована от прозвища Будак. Его основа — слово «буда», которое в старину имело несколько значений. Первое — строение или постройка, второе — поташный завод, где из золы вываривали щелочную соль для стекла, мыла и красильного дела, третье — торговая площадь. Поэтому родоначальник Будаковых мог быть строителем, рабочим на таком заводе или торговцем.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к прозвищу, указывая на принадлежность потомков конкретному человеку. Форма Будакова, с ударением на втором слоге, сразу говорит о том, что перед нами вариант женского рода.

Среди Будаковых есть известная боярская ветвь. Её родоначальник, Леонтий Будаков, основал Камышевскую слободу, которая позже стала городом Камышловом. Его сын Мирон до 1631 года служил таможенным подьячим на Верхотурье. В 1631 году при воеводе князе Федоре Андреевиче Телятевском Мирона поверстали в верхотурские дети боярские — это было серьёзное продвижение по службе. Так потомок человека с прозвищем Будак закрепил за собой фамилию, которая дошла до наших дней.