Фамилия Будькина — женская форма фамилии Будькин, и её происхождение связано не с глаголом «будь», как может показаться на первый взгляд, а с древнерусским личным именем или прозвищем. Основа здесь — имя Будька, которое в старину было уменьшительной формой от календарного имени Буд (полная форма — Буд, Будослав или Будемир). Имя Буд имеет общеславянские корни и означает «бодрый», «пробуждённый» или «будитель». В крестьянской и посадской среде такие краткие имена бытовали до XVII века, а затем превратились в фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Будькин — буквально «сын Будьки» или «человек из рода Будьки». Такая модель типична для северных и центральных русских областей, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге. В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин крепится к основам на -а/-я, что и произошло с Будькой.

Любопытно, что в некоторых говорах слово «будька» могло означать «непоседа» или «тот, кто всех будит», то есть прозвище могло закрепиться за бойким, активным человеком. Однако первичным всё же остаётся крестильное имя, а не бытовое прозвище — это подтверждается тем, что в исторических документах (например, в переписных книгах XVII века) встречаются люди с именем Будька, а не с прозвищем.

Географически фамилия Будькина тяготеет к Поволжью и северо-западным регионам России, но в целом довольно редка. Её однокоренные «родственники» — фамилии Будкин, Будков, Будылин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что говорит о самостоятельном бытовании каждой из них в разных местностях.