Фамилия Будылкина — женская форма, восходящая к мужской фамилии Будылкин, а та, в свою очередь, к прозвищу Будылка. Основа прозвища — слово «будыль», которое в русских говорах означало «пенёк», «кол», «стебель» или «сухая трава», бурьян. Это многозначное нарицательное слово и породило несколько версий происхождения фамилии.

Скорее всего, прозвище Будылка давали по внешнему сходству или роду занятий. Прямое значение «пенёк» или «кол» могло относиться к дровосеку или человеку, который рубил лес и оставлял пни. Образное значение «сухой, торчащий стебель» — к человеку высокому, худому или угрюмому, «колючему» по характеру. Кроме того, в некоторых диалектах «будыль» или «будылка» означала голень, ногу, поэтому прозвище мог получить тот, у кого были полные или, наоборот, тонкие голени.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Будылкин — буквально «сын Будылки» или «человек из рода Будылки». Суффикс -к- в основе (Будылк-а, а не Будыль-а) характерен для уменьшительных или обиходных форм личных имён и прозвищ в северных и центральных регионах России. Географически фамилия встречается в Поволжье и некоторых областях Центральной России, но не входит в число широко распространённых.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Будылев, Будыльский, Будылин — показывает, что все они образованы от одного корня «будыл-»/«будыль-», но с разными суффиксами. Вариант Будылкин — самый «бытовой», с уменьшительным оттенком, что говорит о прозвищном, а не официальном происхождении. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Будылка, что подтверждает народные корни фамилии. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская: фамилия не имеет дворянских суффиксов (-ский/-ской) и не связана с географическими названиями.