Фамилия Будылкины образована от прозвища Будылка, в основе которого лежит слово «будыль». В разных говорах так называли пенёк, кол или стебель крупного сорного растения (бурьяна). Прозвище могли дать по разным причинам: дровосеку или плотнику, работавшему с колами и пнями; угрюмому, нелюдимому человеку, которого сравнивали с сухим корявым стеблем; либо рослому человеку с длинными ногами — «будыльём» в народе иронично называли голени. Таким образом, первым носителем прозвища мог быть и крестьянин, промышлявший рубкой леса, и просто высокий мужчина с заметной походкой.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Будылки). Форма множественного числа — Будылкины — характерна для семейного именования, когда фамилия закреплялась за целым родом или домохозяйством. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии: Будылин, Будыльников, а также Будылкин — все они восходят к тому же диалектному слову.

Интересная деталь: слово «будыль» в некоторых говорах имело переносное значение «пустой, никчёмный человек». Однако вряд ли прозвище с таким оттенком стало бы основой для фамилии — скорее, оно носило нейтрально-описательный или шутливый характер. В ономастических работах (например, в словаре Б. Унбегауна) фамилии на -ин от прозвищ, образованных от названий растений и предметов, считаются одними из древнейших в русской антропонимии.

Точное место возникновения фамилии Будылкины установить сложно: процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и прозвище могло возникнуть независимо в разных регионах. Но по суффиксу и форме можно предположить, что её носители жили в зоне распространения севернорусских говоров — в Вологодской, Архангельской или Костромской губерниях, где слово «будыль» активно употреблялось в быту.