Фамилия Будылко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -ко. Этот суффикс, чрезвычайно распространённый на Левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях, часто прикреплялся к прозвищам, указывающим на внешность, характер или род занятий человека. В случае с Будылко основа, скорее всего, восходит к слову «буди́ти» (будить) или к его производным. Однако более вероятен другой, сугубо бытовой вариант: в украинских говорах «буди́лка» — это не только будильник, но и человек, который рано встаёт или, наоборот, всех будит. Прозвище Будыло или Будылко мог получить беспокойный, суетливый сосед, которого все знали как «того, кто поднимает раньше времени».

Есть и вторая, менее очевидная версия, связанная с диалектным словом «буды́лля» — стебли, сухие остатки растений, бурьян. В этом случае прозвище Будылко могло закрепиться за высоким, худым, «стеблеобразным» человеком. Такие прозвища по внешнему сходству — обычное дело в народной ономастике, и фамилия Будылко вполне могла возникнуть как насмешливое, но беззлобное прозвище долговязого парня. Выбрать между этими двумя версиями сложно, но первая — «будитель» — встречается в антропонимии чаще, так как глагольные прозвища по действию давали более яркую характеристику.

Примечательно, что фамилия Будылко не имеет «великорусского» суффикса -ов или -ин, что прямо указывает на её происхождение с территории современной Украины или юга России, где были сильны украинские говоры. В документах XIX века носители фамилии встречаются в основном среди казаков и крестьян Черниговской и Полтавской губерний. Это не дворянская фамилия, а типичная фамилия сельского жителя, закрепившаяся за родом, основатель которого чем-то запомнился — либо ранним подъёмом, либо высоким ростом.