Фамилия Будыленко происходит из украинской традиции и образована по продуктивной модели на -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках стал главным маркером фамилий на Левобережной и Слободской Украине. Будыленко — значит «потомок Будылы». Само прозвище Будыла, скорее всего, связано с диалектным словом «будило» или «будыла» — так в южнорусских и украинских говорах называли стебель высокого сорного растения, бурьян (ср. «будяк» — чертополох). Человек мог получить такое прозвище за высокий рост, худобу или, наоборот, за неухоженный, «колючий» характер.

Вторая, менее вероятная, но лингвистически возможная версия выводит основу от глагола «будить». Тогда Будыла — это тот, кто будит, «забуддыга» или просто ранний пташка. Однако связь с растительным миром кажется более органичной для украинского ономастикона, где прозвища от названий трав и сорняков встречаются часто (Лопух, Бурьян, Очерет).

Фамилия Будыленко не относится к аристократическим или старым дворянским родам. Она типична для крестьянской и казачьей среды. Её географический центр — Черниговская, Полтавская и Харьковская губернии. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия встречается, но не столь массово, как, скажем, Шевченко или Ткаченко, что указывает на её локальный характер.

Однокоренные фамилии — Будыльский, Будылев, Будылин (русский вариант с суффиксом -ин) и просто Будыла. Все они указывают на одно и то же прозвище-основу. В современном написании фамилия устойчива: окончание -о не склоняется по падежам в мужском роде (Будыленко, Будыленко, Будыленко), а в женском не склоняется вовсе.