Фамилия Бухаров может происходить от нескольких совершенно разных корней, и выбор версии зависит от того, где жили предки. В севернорусских говорах словом «бухара» называли пчелу или шмеля. Отсюда пошло прозвище Бухар, которое давали либо трудолюбивому человеку (по ассоциации с пчелой-труженицей), либо ехидному и злоязыкому, способному «ужалить» словом. В народной традиции такие имена-прозвища не были редкостью: пчела олицетворяла и усердие, и умение постоять за себя.

Есть и более прозаичная версия: «бухарой» в некоторых областях называли покосный участок в лесу. Владелец такого участка или человек, живший рядом с ним, мог получить прозвище Бухар, которое затем закрепилось в фамилии.

Третья версия — топонимическая. Она связывает фамилию с названием узбекского города Бухара. Этимология слова спорная: его возводят либо к древнеиндийскому «вихара» (буддийская обитель), либо к арабскому «бухари» (беднота). Фамилию Бухаров в этом случае мог получить выходец из Бухары или человек, долго там проживший. Эта версия менее вероятна для исконно русских регионов, но возможна в южных и восточных областях.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Бухара»), что типично для русских фамилий, сформировавшихся в XV–XVII веках. Известный носитель фамилии — Дмитрий Николаевич Бухаров (1813–1853), дипломат и писатель, автор книг «Россия и Турция» и «Поездка в Лапландию», которые в XIX веке считались практическими пособиями по дипломатии.