Фамилия Бухарев (в женском роде — Бухарева) происходит от прозвища, которое давали предку. Самая убедительная версия связывает её с севернорусским диалектным словом «бухара» — так в Архангельской, Вологодской и других северных губерниях называли пчелу или шмеля. Прозвище Бухарь, скорее всего, закреплялось за человеком работящим, неутомимым, как пчела. В этом случае фамилия оказывается не просто бытовым именем, а меткой характеристики: предок Бухаревых, по народной молве, был трудягой.

Есть и вторая версия — топонимическая. «Бухара» — это не только город в Узбекистане, но и название среднеазиатского ханства. Выходцы оттуда или люди, торговавшие с теми краями, могли получить прозвище Бухаря или Бухары. Тогда фамилия указывает на географию жизни или происхождения предка. Вторая версия кажется менее вероятной для массового бытования фамилии, но полностью исключать её нельзя: в южных и поволжских регионах такие прозвища действительно встречались.

По словообразовательной модели фамилия типична: суффикс -ев присоединился к основе Бухарь. В русской ономастике это стандартный патроним — «сын Бухаря». Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что исходное прозвище оканчивалось на мягкий согласный или «ь».

Точную дату и место возникновения фамилии назвать невозможно — фамилии у крестьян и горожан складывались веками, и Бухаревы могли появиться в разных губерниях независимо друг от друга. Но сам факт, что прозвище сохранило диалектное слово «бухара», делает фамилию ценным памятником севернорусской лексики, которую в живой речи уже почти не услышишь.