Фамилия Бухаршина — один из тех случаев, где корень прозрачен, а суффикс заставляет задуматься. Основа «бухар» прямо указывает на географическую привязку: Бухара, древний город в Средней Азии. В русской традиции так могли прозвать человека, который торговал с Бухарой, приезжал оттуда или просто носил товары, с ней связанные — например, бухарские ковры, шёлк или хлопок. Однако суффикс «-шин» нестандартен для обычной оттопонимической фамилии. Чаще мы встречаем Бухаров, Бухарцев или Бухарский. «-Шин» — вариант притяжательного суффикса «-ин», но с наращением «-ш-», что встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный, особенно шипящий или цоканье: Фомин — Фомшин, Мишин — Мишшин. Здесь же основа «Бухар» дала бы «Бухарин», а «Бухарш» — как раз случай, когда прозвище могло звучать как «Бухарша». То есть исходное личное прозвище — Бухарша, а фамилия от него — Бухаршин, женская форма — Бухаршина.

Вероятнее всего, прозвище Бухарша дали человеку, который был родом из Бухары или долго там жил. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, «бухарец» — это вообще любой среднеазиатский купец, а «бухарша» могло быть ласкательным или уменьшительным вариантом. В документах XVII–XVIII веков встречаются «бухарские гости» — купцы, которые вели торговлю между Россией и Средней Азией. Некоторые из них оседали в русских городах, принимали православие и получали фамилии по месту происхождения. Так что предок Бухаршиных вполне мог быть таким купцом, а мог — и ремесленником, работавшим с восточными товарами.

Спорный момент — не путать с фамилией Бухаршин, где корень «бухар» может восходить к тюркскому «бухар» (бык, самец) или к диалектному русскому «бухать» (падать, бить). Но для Бухаршиной географическая версия убедительнее: суффикс «-ша» в прозвищах часто давал уменьшительно-ласкательный оттенок, а в сочетании с «Бухар» он прочно привязывает носителя к городу, а не к животному или звукоподражанию. Фамилия редкая, встречается в основном в центральной России и Поволжье, что совпадает с историческими торговыми путями из Бухары.