Фамилия Булахтина хранит память о происхождении человека, и её корни уходят в прозвища, связанные с тюркскими языками и русскими диалектами. Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Булахта — фонетический вариант прозвища Балахта. Оно восходит к русскому диалектному глаголу «балахтать», то есть «плескать, выплескивать; болтать, бить или мешать масло», или «балахтаться» — «мотаться, болтаться, шататься, слоняться». Эти глаголы, скорее всего, заимствованы у тюркских народов: близкий корень -булакт- встречается, например, в киргизском языке, где «булакта» означает «качаться из стороны в сторону». Таким образом, прозвище Булахта могло указывать на род занятий — например, маслодела, который взбалтывал масло, — или на особенности поведения, вроде склонности к праздному времяпрепровождению.

Есть и другая версия: фамилия могла образоваться от прозвища Булактин, которое связано с названием населённого пункта Булакты в Алматинской области Казахстана. Основатель рода мог получить такое прозвище как выходец из этой местности, а само название Булакты восходит к казахскому «булакты» — «местность с ручьём». От прозвища Булактин первоначально возникла фамилия Булактин, но со временем, в результате исторических изменений в произношении и написании, она закрепилась как Булахтин. Судя по архивным данным, фамилия Булахтины распространена в южных регионах России: в Оренбургской, Воронежской и Липецкой областях.