Фамилия Булгутова — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа соединилась с типично русским суффиксом принадлежности. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на славянские корни, а на географию и историю народов Северного Кавказа и Поволжья.

Основа фамилии — «булгут» — восходит к тюркскому слову, которое в разных языках (кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском) означает «мутный», «взбаламученный», «неспокойный». В переносном смысле так могли назвать человека с беспокойным нравом, задиру или того, кто постоянно вносит сумятицу в дела. Есть и вторая, более конкретная версия: у ряда тюркских народов «булгут» — это название омута или глубокого места в реке, где вода кажется тёмной и мутной. Прозвище мог получить человек, живший у такого омута, либо рыбак, промышлявший в опасных местах.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий: Булгутов — «чей?» — «сын Булгута». Женская форма Булгутова, соответственно, происходит от мужской. Важно отметить, что в русском языке эта фамилия закрепилась именно с ударением на второй слог (БулгУтова), что типично для фамилий тюркского происхождения, адаптированных русским языком.

Скорее всего, предки носителей фамилии Булгутова были не коренными русскими, а представителями тюркоязычных народов — кумыков, ногайцев или татар, которые в XVII–XIX веках переходили в православие и получали фамилию по своему родовому прозвищу. Встречается фамилия преимущественно в Ставропольском крае, Дагестане и Астраханской области — регионах, где веками соседствовали русские и тюркские культуры. Сословного барьера у неё не было: Булгутовыми могли быть и крестьяне, и казаки, и мелкие служилые люди.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Булгаков, Булгарин) показывает разницу: «Булгак» в тюркских языках — «гордый», «беспокойный», а «булгут» — более конкретный, «мутный» или «омутистый». Так что Булгутова — не вариант фамилии Булгакова, а самостоятельное образование от другого прозвища.