Фамилия Бундаков — одна из тех русских фамилий, чья основа не лежит на поверхности и вызывает споры. Если отбросить интуитивное желание связать её с «бундом» (еврейской социалистической партией), то сразу становится ясно: корень здесь старше и чисто русский. Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени Бундак.

Слово «бундак» в русских говорах имело конкретное значение. В воронежских, курских и донских диалектах так называли человека плотного, коренастого, сбитого — коротышку с крепкой фигурой. Это не оскорбление, а бытовая характеристика внешности, которая легко приставала к человеку и становилась его уличным прозвищем. Суффикс -ак в таких прозвищах (ср. «толстяк», «здоровяк», «крепчак») усиливал именно описательную, а не уменьшительную функцию. От прозвища Бундак образовалась фамилия через стандартный патронимический суффикс -ов: Бундаков — сын Бундака.

Менее распространённая, но имеющая право на существование гипотеза связывает фамилию с тюркским корнем «бун» (рана, страдание, тоска). В таком случае Бундак могло быть прозвищем угрюмого или болезненного человека. Однако эта версия слабее: диалектное русское слово задокументировано в словарях XIX века, а тюркское влияние на такую фамилию не подтверждается географией её бытования.

Фамилия Бундаков встречается преимущественно в центральных и южных областях России — в Воронежской, Ростовской, Волгоградской областях. Это указывает на её исконно русскую, а не дворянскую или инородческую природу. В дореволюционных ревизских сказках Бундаковы чаще всего крестьяне или однодворцы. Фамилия не давала сословных привилегий, но зато хорошо сохранила звучание живого народного прозвища, которое когда-то точно описывало своего первого носителя.