Фамилия Буниховский — один из тех случаев, когда внешне славянская форма хранит в основе явно неславянское, скорее всего, еврейское имя. Это типичная фамилия-патроним, образованная по польско-украинской модели с суффиксом -овский/-евский. Такие фамилии в XVIII–XIX веках часто получали евреи на территории Речи Посполитой, а затем и Российской империи (в черте оседлости), когда им вменяли в обязанность взять наследственные фамилии.

Основа фамилии — мужское имя Буних. Это уменьшительно-ласкательная форма от библейского имени Бунем (идиш Bunem, от нем. «guter Mensch» — «добрый человек») или от более распространенного Бенцион (ивр. «сын Сиона»). В просторечии такие имена сокращали до Бунь, Буня, Буних, а затем добавляли типично польский фамильный суффикс -овский, означающий принадлежность («из рода Буниха» или «сын Буниха»). Таким образом, первый носитель фамилии Буниховский был, скорее всего, сыном или потомком человека по имени Буних.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — Волынской, Подольской, Киевской, а также к Царству Польскому. Встречается она и сегодня, но остается достаточно редкой. Интересно, что в русской среде похожую фамилию могли бы образовать от прозвища Буня (от глагола «бунить» — гудеть, мычать или от «буня» — спесивый человек), но сочетание с суффиксом -овский для великорусских фамилий нетипично. Оно прямо указывает на западнорусское или польское происхождение, где эта модель была основной для шляхты и мещан.

Если отбросить версию о случайном совпадении с русским корнем, то этимология прозрачна: Буниховский — «тот, кто из рода Буниха». Это не ремесленная и не топонимическая фамилия, а чисто именная, рассказывающая о предке по мужской линии, которого в быту звали ласковым сокращением от полного еврейского имени.