Фамилия Бурдэен — редкая, даже уникальная. В ней сразу обращает на себя внимание необычное окончание. Если бы фамилия оканчивалась на -ин или -ов, она бы легко вписалась в привычный ряд русских фамилий. Но суффикс -ен (а точнее, его вариант -эен) выбивается из стандартной модели. Это почти наверняка указывает на нерусское происхождение основы — скорее всего, западноевропейское или прибалтийское. В русском языке фамилии на -ен встречаются, но крайне редко, и почти всегда это результат адаптации иноязычного прозвища или имени.

Наиболее вероятное объяснение — фамилия происходит от немецкой или голландской фамилии Burdeen, Burdein или аналогичной. В немецком языке слово «Burde» (ударение на первый слог) означает «ноша», «бремя», а в переносном смысле — «обуза», «тяжесть». Прозвище Burde мог получить либо человек, выполнявший тяжелую работу (носильщик, грузчик), либо, что реже, человек с тяжелым характером, который «всем в тягость». Фамилия могла быть принесена в Россию переселенцами-немцами, мастерами или купцами, и со временем обрусела, потеряв свое исконное написание, но сохранив необычное окончание.

Вторая, менее вероятная версия — связь с французским словом «bourdon» (бурдон — басовая труба в органе или толстая палка, посох). В таком случае фамилия могла звучать как Бурдон, а написание через «э» — это поздняя запись на слух, когда твердый звук «д» передали буквой «э» для сохранения произношения. Однако эта версия слабее, так как не объясняет суффикс -ен.

Географически фамилия Бурдэен тяготеет к регионам, где исторически были немецкие колонии или активное прибалтийское влияние: Поволжье, Санкт-Петербургская губерния, Прибалтика. Встречаемость фамилии в современных базах данных крайне низкая — буквально единичные случаи, что делает её ономастической редкостью. Носитель такой фамилии почти наверняка потомок иностранного специалиста или ремесленника, приехавшего в Россию в XVIII-XIX веках.