Фамилия Бурдюкин образована от прозвища Бурдюка. По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «бурдюк» - «кожаный мешок из цельной шкуры животного (козы, лошади, овцы и др.), предназначенный для хранения вина, кумыса и других жидкостей». Бурдюк изготавливается из меха животного, содранного с него через шейное отверстие без других разрезов. Полученный таким образом цельный кожаный мешок выворачивается шерстью внутрь; кожа снаружи протирается солью, а внутри пропитывается дёгтем, отверстия шеи, ног и другие перевязываются, одна лапка оставляется для вливания жидкости и бурдюк готов к употреблению: для наполнения и хранения жидкостей. Вероятно, прозвище Бурдюка относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии: он мог заниматься изготовлением сумок и мешков. Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило украинское слово «бурдюга» - «примитивное казацкое помещение земляночного типа», «пещера», «логово». В таком случае прозвище Бурдюка либо отражало особенности места жительства предка (в землянке), либо образ его жизни (в постоянном движении, кочевой). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бурдюка, со временем получил фамилию Бурдюкин.