Фамилия Бурдуковская — женская форма фамилии Бурдуковский, которая относится к древнему пласту русских фамилий, образованных от прозвищ. В её основе лежит прозвище Бурдук, и именно его происхождение вызывает главный интерес исследователей.

Наиболее вероятная версия связывает прозвище Бурдук с географическим названием. В некоторых говорах «бурдук» — это житель берегов реки Лены. Если это так, то прозвище указывало на место, откуда был родом человек, и стало основой для фамилии, отвечающей на вопрос «откуда?». Такая модель образования типична для фамилий на -ский, которые часто носили дворяне и духовенство, но встречались и у крестьян, переселившихся из одного региона в другой.

Менее вероятна, но тоже возможна связь со словом «бурдюк» — кожаным мешком для хранения вина. В этом случае прозвище Бурдук могло быть ироничным: так называли тучного человека (похожего на полный бурдюк), любителя хмельных напитков или торговца вином. Эта версия менее убедительна, так как форма «Бурдук» отличается от привычного «Бурдюк», хотя в народной речи искажения слов встречались постоянно.

Суффикс -ск- в фамилии Бурдуковский указывает на её происхождение от названия местности или родового владения. В сочетании с прозвищем Бурдук это даёт значение «происходящий от Бурдука» или «из рода Бурдуков». В целом, фамилия редкая и несёт в себе отпечаток либо сибирских корней предков, либо их бытового прозвища, связанного с внешностью или ремеслом.