Фамилия Бурдуковских стоит в ряду так называемых «окающих» фамилий на -их/-ых, характерных для северных и сибирских говоров. Если бы фамилия образовалась в Москве или на юге, она звучала бы как Бурдуковский. Но форма на -их (Бурдуковских) указывает на происхождение из мест, где в родительном падеже множественного числа говорили «из Бурдуковских», то есть из семьи или из деревни Бурдуковских. Такие фамилии особенно часты в бывших Вятской, Пермской, Архангельской губерниях и в Сибири, куда переселенцы унесли эту модель.

Основа фамилии — прозвище Бурдук. В русских говорах «бурдук» или «бурда» означало мутную, некачественную жидкость, болтушку, а также плохое питьё или похлёбку. Человек мог получить такое прозвище за неопрятность, за то, что он готовил или пил что-то невкусное, либо, по контрасту, за склонность к мутным и нечистым делам. Однако есть и другая, более прозаическая версия: в некоторых диалектах «бурдуком» называли мешок или куль, так что прозвище могло достаться торговцу, носильщику или просто полному, грузному человеку. Третья возможность — связь с тюркским «бурдак» (кувшин, сосуд), но для фамилии Бурдуковских эта версия менее вероятна, так как суффикс -ух- в русских прозвищах (ср. Бурдуха, Бурдук) встречается часто и не требует заимствования.

Суффикс -ух- в основе Бурдух- (от которого Бурдук) придавал прозвищу фамильярный или уничижительный оттенок. Такие формы были обычны в крестьянской среде: Бурдуха — человек, который «бурдит», мутит воду, или просто неряха. Со временем прозвище закрепилось как фамильное имя, а окончание -их добавило указание на принадлежность к роду.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться по-разному: Бурдуковский (если носитель переезжал в центральные губернии, где форма на -ский считалась более «благородной») или Бурдуковских (в метрических книгах северных уездов). Встречаются однокоренные фамилии: Бурдуков, Бурдуковский, Бурдухин — все они восходят к тому же прозвищу, но различаются по модели образования и региону бытования. Фамилия Бурдуковских — одна из самых редких и локальных, что делает её надёжным маркером происхождения из определённой местности, скорее всего, из Вятского края или Приуралья.