Фамилия Бурнукина — женская форма фамилии Бурнукин, и её происхождение ведёт к необычному родовому обычаю. В основе фамилии лежит диалектный вариант старинного татарского мужского имени Бурнак — Бурнука. Переводится это имя как «белоносый».

Смысл имени становится понятным только в контексте обряда, который долгое время существовал в башкирском племени юрматы. Если у единственной дочери старейшины рода первым рождался мальчик, его клали рядом с белоносым псом и нарекали именем Бурнука. Таким образом, имя было не описательным прозвищем, а обрядовым, связанным с конкретным ритуалом и животным, которое играло в нём ключевую роль.

Фамилия Бурнукина образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Бурнукин», то есть потомок или человек из рода Бурнуки. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам, оканчивающимся на -а/-я, поэтому форма Бурнука закономерно дала Бурнукин.

Сам процесс формирования фамилий у разных народов был длительным и неравномерным. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бурнукиных можно лишь на основании углублённых генеалогических изысканий, но ясно, что корни этой фамилии уходят в тюркскую, скорее всего башкирскую или татарскую, среду.