Фамилия Бутенина — женская форма фамилии Бутенин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем, от которого она образована. Модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Бутени). Основа здесь — Бутеня, и именно в ней кроется главная загадка.

Самая вероятная версия связывает корень с диалектным словом «бутень», которое в некоторых говорах означало «толстяк», «увалень» или, наоборот, «упрямец». В ономастике известна фамилия Бутенев, и Бутенин — её близкий родственник. Слово «бутеть» в русских говорах значит «толстеть», «наливаться соком», поэтому прозвище Бутеня могли дать человеку плотного телосложения или медлительному в движениях. Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от нецерковного имени Бутеня, которое могло быть вариантом имени Бут (от «бут» — камень, скала, что символизировало крепость).

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вятской и Пермской губерниях, где слово «бутень» было в ходу. В XIX веке Бутенины числились среди государственных крестьян и мещан — никакого дворянского или купеческого следа не прослеживается. Редкий суффикс -еня в основе (а не -ев или -ов) указывает на то, что прозвище было образовано от имени или характеристики, а не от профессии, — это отличает фамилию от, скажем, Кузнецовых или Мельниковых. По сути, предок Бутениных был человеком, которого в деревне окрестили за внешность или нрав, и прозвище закрепилось в роду.