Фамилия Бутор образована от прозвища, в основе которого лежит диалектное слово «бутор». В русских говорах у него несколько значений, и каждое могло стать источником прозвища. Самое распространённое — «шум, гам, крик». Отсюда прозвище Бутор мог получить человек живой, активный, неспокойный — тот, кого слышно издалека.

Однако «бутором» называли и внутренности животного, и негодное старьё, лохмотья, хлам. В этом случае прозвище могло указывать на род занятий: охотник, разделывающий добычу, или старьёвщик, торгующий подержанными вещами. Слово многозначное, и в разных местностях акцент делали на разные его смыслы.

Есть и третья, менее очевидная версия. В костромских говорах «бутором» называют горячечный бред. Прозвище с таким значением могло выполнять охранительную функцию — этакий оберег. Давая ребёнку «плохое» имя, предки верили, что злые силы не позарятся на него и обойдут стороной. Такая практика была широко распространена в древнерусской антропонимии.

Модель образования фамилии проста: к основе Бутор- добавился нулевой суффикс, характерный для прозвищ, а затем фамилия закрепилась в форме Бутор без дополнительных патронимических суффиксов (-ов, -ин). Это указывает на то, что прозвище могло быть напрямую перенесено в фамилию, что чаще встречается в южнорусских и украинских землях, хотя сама лексика тяготеет к северным и центральным говорам.

Сравните с однокоренными фамилиями: Буторов, Буторкин, Буторла. Они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Буторов — самая распространённая форма, где суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Бутора». Сама фамилия Бутор встречается реже, что делает её особенно интересной для этимолога.

Так что предки носителей фамилии Бутор могли быть людьми шумными и деятельными, либо промышлявшими охотой или торговлей старьём, а возможно, их имя служило оберегом от болезней и напастей.