Фамилия Бутовичев — редкий пример отчества второго порядка, то есть «внучества». Она означает: сын Бутовича, внук Бутового. Такой способ образования (основа + -ович + -ев) встречается нечасто и обычно указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где ценили развёрнутую родословную, — возможно, среди служилых людей или казачества.

Корень фамилии — прозвище Бутовой. Самая вероятная версия связывает его с глаголом «бутеть» — толстеть, жиреть. В этом случае Бутовой — прозвище полного, дородного человека, возможно невысокого роста. Такие прозвища по внешности давали без обиды, по-соседски метко.

Менее убедительна версия от глагола «бутить» — мутить, быть зачинщиком ссор. Она встречается в любительских словарях, но поддержки у серьёзных ономастов не находит: прозвище Бутовой в значении «смутьян» нигде не зафиксировано. Версия про украинское «бут» (зелёный лук) тоже слаба — прозвища по овощам в этой форме давали редко, обычно это были названия вроде Цибуля или Лукьян.

Любопытна польская версия: but по-польски — сапог. Бутовой мог быть сапожником, и такое прозвище по ремеслу — одно из самых естественных. Однако в польской ономастике фамилии от but чаще выглядят как Бутовский или Буткевич, а русская форма Бутовой указывает скорее на восточнославянскую, а не польскую среду.

Самое раннее упоминание родственного прозвища — крестьянин Бут, записанный в Новгороде в 1485 году. Это показывает, что основа фамилии древняя и бытовала в северорусских землях. Фамилия Бутовичев, вероятно, сложилась не раньше XVII века, когда отчества на -ович стали переходить в наследственные фамилии.