Фамилия Бужинова хранит память о происхождении человека, и её значение раскрывается через несколько версий. Первая и наиболее предметная связывает фамилию с топонимом Бужин — поселением, основанным в 1639 году подданными Киевского Пустынно-Никольского монастыря и запорожскими казаками на землях графа Крылова, на месте урочища Бужина. После выделения Чигирина из Корсунского староства Бужин отошёл к Чигирину, а в 1960 году был полностью затоплен водами Кременчугского водохранилища. Если принять эту версию, основатель рода Бужиновых был выходцем из этого исчезнувшего города, и фамилия указывает на его географическое происхождение.

Вторая версия выводит фамилию от прозвища Бужа, которое восходит к диалектному русскому глаголу «бужать» — «будить». Прозвище могли дать человеку, в чьи обязанности входило будить других (например, в войске), либо тому, кто сам рано просыпался. Не исключено и противоположное значение — так могли прозвать крепко спящего, которого трудно разбудить.

Третья гипотеза связывает прозвище Бужа с названием реки Бужа во Владимирской области (левый приток Пры, бассейн Оки). В таком случае предок Бужиновых жил на берегах этой реки.

Словообразовательная модель фамилии необычна: она представляет собой отчество второго порядка. Сначала от прозвища Бужа образовали отчество Бужин (сын Бужи), а затем — Бужинова (внук Бужи). Двойной суффикс -ин-ов встречается реже, чем стандартный -ов или -ин, и указывает на более позднее закрепление фамилии в форме отчества от отчества.