Основой фамилии Бышенко послужило мирское имя Быш. Скорее всего, фамилия Бышенко образована от мирского имени Быш. По одной из версий, оно восходит к нарицательному «быша», которое имеет значение «солнечные лучи из-за тучи». Скорее всего, подобное имя получил младенец, родившийся в ясную погоду. Однако следует отметить, что в старославянском языке существовал корень –быш- в значении «я буду». Поэтому имя Быш могли дать ребенку с пожеланием долгой жизни. Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит прозвище Бышко, которое восходит к слову «бышак» - «сорт большой астраханской селедки». Возможно, что Бышком называли рыбака. Согласно другой гипотезе, прозвище Бышко восходит к диалектному глаголу «быгать» - «просыхать, сохнуть, чахнуть на ветру; обветриваться, провяливаться». В таком случае, возможно, что прозвище Бышко получил человек с обветренной кожей, тот, кто по роду занятий много времени проводил на ветру.