Фамилия Чемеригин — одна из тех, что образована от прозвища или нецерковного имени, данного по растению. В её основе лежит слово «чемерица» — известное в народе ядовитое травянистое растение с мощным корневищем, которое, несмотря на токсичность, использовали в народной медицине и как средство от вредителей. Человек, получивший прозвище Чемерига, мог быть знахарем, который лечил настойками из этой травы, или крестьянином, занимавшимся её сбором и продажей. Возможен и более простой бытовой вариант: так могли прозвать человека с резким, «едким» характером — по аналогии с жгучим соком чемерицы.

Словообразовательная модель фамилии стандартна для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Чемеригин, то есть сын или потомок Чемериги). В отличие от -ов/-ев, которые чаще встречаются в южных и восточных регионах, -ин типичен для новгородских, псковских, тверских земель. Это даёт косвенную подсказку: корни фамилии, скорее всего, лежат в северо-западной части Древней Руси.

Фамилия редкая, и её написание устойчиво — через «е» в первом слоге, хотя диалектное произношение могло быть и «чимерица». В ономастических справочниках она не получила широкого описания, но однокоренные фамилии (Чемерисов, Чемерин) встречаются в документах XVII века, что подтверждает древность прозвищного ряда. Чемеригины, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией в исторических списках не зафиксировано.

Есть и менее вероятная версия, связывающая фамилию с украинским или белорусским словом «чемер» — так называли кожаную сумку или кошель. Но в таком случае ожидалась бы форма Чемерин или Чемерович, а суффикс -гин здесь выглядит чужеродно. Поэтому растение остаётся основным и самым правдоподобным источником.