Фамилия Черкоева — женская форма от фамилии Черкоев. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому или кавказскому прозвищу. В тюркских языках «черке» или «черки» может означать «сокол» или «ястреб» — образ быстрой, зоркой и хищной птицы, который нередко становился прозвищем воина или охотника. В осетинском языке есть слово «цæргæс» (орёл), но фонетически фамилия ближе к тюркским корням.

Модель образования типична для народов Северного Кавказа: к основе Черко- добавляется русский суффикс -ев/-ов, который при оформлении фамилии в русских документах (метриках, ревизских сказках) закрепился как стандартный. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Черко́ева, хотя в разговорной речи встречаются варианты.

Географически фамилия Черкоева встречается преимущественно в Северной Осетии и среди осетинской диаспоры, реже — в Кабардино-Балкарии и Ингушетии. Это указывает на осетинское происхождение: носители фамилии, вероятно, принадлежат к иронской или дигорской ветви осетин. В дореволюционных списках фамилия могла писаться с окончанием на -а (Черкоева) или -о (Черкоев), но в современной русской традиции закрепилась форма на -а для женщин и на нулевое окончание для мужчин.

Сословно предки Черкоевых могли быть как горскими крестьянами, так и представителями военного сословия — узденями (осетинскими дворянами). Прозвище «сокол» часто давали людям с острым зрением, метким стрелкам или тем, кто отличался воинской доблестью. Однако точных документальных свидетельств о конкретном роде нет: фамилия не относится к числу широко известных, и её носители не фигурируют в крупных исторических хрониках.

В написании фамилии возможна путаница с похожими — Черкаев, Черкизов, Черкунов. Но у Черкоевой уникальный корень, который не имеет отношения к этнониму «черкес»: в осетинском языке это слово звучит как «кæсгон», а «черке» — самостоятельное прозвище.