Фамилия Черненки стоит в ряду тех, что застыли в форме множественного числа, и это сразу выдаёт её северное или восточное происхождение. Такие фамилии на -их, -ых (Черных, Белых) или на -енки (Черненки) характерны для говоров, где отвечали на вопрос «чьи вы?» — «мы Черненки», то есть люди из семьи или рода Чернёнка.

Основа здесь — прозвище Чернёнок. Это уменьшительная форма от прилагательного «чёрный», но не обязательно указывающая на цвет волос. В русских говорах «чернёнком» могли назвать смуглого ребёнка, младшего сына с тёмными чертами, а иногда и человека, занимавшегося чёрной, то есть физически тяжёлой или грязной работой. Суффикс -ёнок в прозвищах — типичный для обозначения молодого существа или детёныша, так что прозвище Чернёнок часто давали именно подростку или парню в отличие от взрослого Чернеца или Черняка.

Фамилия эта — редкая для центральной России, но её можно встретить на юге Архангельской области, в Вятке и в старых записях Пермской губернии. Там фамилии на -енки не перешли в стандартную форму на -ов, а сохранили архаичный патроним во множественном числе: «Черненки» означало «дети и внуки Чернёнка». В отличие от фамилий на -ов, которые фиксировали одного конкретного предка, форма Черненки изначально была родовым именем целой семьи.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, как по-разному распределились прозвища: Чернов — самая частая и нейтральная форма, Черняев — от имени Черняй, Чернцов — от прозвища чернец (монах). Черненки стоит особняком: это не просто указание на цвет, а именно прозвище младшего или маленького «чёрного», которое закрепилось за целым родом в тех местах, где фамилии ещё долго оставались неофициальными и бытовали в речи.