Фамилия Чернорубашкин — одна из тех, что образована от прозвища, и прозвище это, судя по всему, описывало внешность, привычку или род занятий. Основа здесь прозрачна: «чёрная рубашка». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чернорубашкин — буквально «сын (или потомок) Чернорубашки». Так в XV–XVII веках на Руси могли назвать человека, который постоянно носил чёрную рубаху, либо выделялся ею среди других.

Чёрный цвет в крестьянской среде был рабочим, повседневным: рубахи из неотбеленного льна или домотканины часто имели тёмный оттенок. Но прозвище «Чернорубашка» могло закрепиться за человеком, который, в отличие от соседей, не надевал праздничную белую одежду, или за тем, кто работал в грязном ремесле — кузнецом, угольщиком, печником. Впрочем, не исключён и ироничный подтекст: прозвище мог получить неряха или бедняк, у которого не было другой рубахи.

Интересно, что фамилия эта — относительно редкая. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, но не образует крупных гнёзд. По модели образования она близка к таким фамилиям, как Белорубашкин, Краснопоясов, Синебрюхов — все они построены по схеме «прилагательное + предмет одежды или тела». Словарь русских фамилий (например, работы Б. Унбегауна) относит подобные образования к типично русским, возникшим в среде крестьян и посадских людей, а не дворянства.

В дореволюционных переписях могли фиксировать варианты написания: Чернорубашкин, Чернорубашкинъ, реже — Чернорубашечкин. Устойчивая форма на -ин закрепилась, скорее всего, в XIX веке, когда фамилии стали передаваться по наследству и паспортизироваться.

Если ваши предки носили эту фамилию, стоит поискать их в документах Воронежской, Курской или Тамбовской губерний — именно там чаще всего встречаются «цветные» прозвищные фамилии, описывающие внешность или быт простого человека.