Фамилия Черпито — редкая и необычная для русского уха. Её звучание и окончание сразу выдают нерусское происхождение. В исконно русских фамилиях почти не встречается финаль -ито, это характерная примета итальянского или, реже, греческого языка. Поэтому первое, что можно сказать с высокой долей уверенности: Черпито — это фамилия, принесённая в Россию из-за границы, скорее всего, из Италии или средиземноморского региона.

Если отталкиваться от итальянской версии, то основа «черп-» (итал. cerp-, cerpi-) может восходить к диалектному слову cerpo — «виноградная лоза» или «побег». В таком случае прозвище Черпито (Cerpito) давали человеку, который занимался виноградарством, жил на винограднике или имел какое-то отношение к лозе. Суффикс -ито в итальянском часто образует уменьшительные или ласкательные формы, так что Черпито могло означать «маленькая лоза» или «отросток» — прозвище для младшего в семье или невысокого, худощавого человека.

Есть и другой вариант: фамилия могла возникнуть от греческого корня, связанного с глаголом «черпать». В греческом языке существует слово τσέρπι (tserpi) — диалектное название ковша или черпака. Если носитель фамилии был греком, переселившимся в Россию, то Черпито — это русифицированная форма прозвища, данного человеку, который постоянно что-то черпал (например, воду или вино), либо мастеру, делавшему черпаки. Греческие фамилии на -ито встречаются на юге России и в Причерноморье, особенно среди потомков понтийских греков.

В русском языке фамилия Черпито склоняется как неизменяемое существительное мужского рода (Иван Черпито, Ивану Черпито), хотя в бытовой речи её иногда пытаются подогнать под привычную модель, называя носителя «Черпитов». Однако исторически верной остаётся форма без суффикса -ов. Поскольку фамилия крайне редкая, её носители, скорее всего, происходят из небольшой группы переселенцев — итальянских строителей, архитекторов или виноделов, работавших в Российской империи в XVIII–XIX веках, либо из греческих общин Крыма и Новороссии. Точную этимологию можно было бы установить только по семейным архивам или записям о миграции, но виноградарская или ремесленная версия выглядит наиболее правдоподобной.