Фамилия Четвертушкин — один из тех случаев, когда в основе лежит не имя и не профессия, а порядковое числительное, но в уменьшительной форме. В отличие от распространённых Первушиных или Третьяковых, здесь корень «четверт-» указывает не на номер ребёнка по счёту, а на прозвище, образованное от слова «четвертушка».

«Четвертушкой» в русских говорах называли четвёртую часть чего-либо: четверть ведра, бутылки, хлеба, земли. Чаще всего так могли прозвать человека маленького роста или щуплого телосложения — как бы «четверть» от нормального человека. В некоторых регионах «четвертушка» означала также меру объёма (например, четверть штофа), и прозвище мог получить торговец, отпускавший товар мелкими порциями, или же человек, владевший небольшим наделом земли.

Суффикс «-ушк-» в основе — уменьшительно-ласкательный, он смягчает исходное слово, но не меняет его смысла. А фамильный суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Четвертушкин — сын или потомок Четвертушки. Такая модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а, -я: Четвертушка → Четвертушкин.

Фамилия редкая, сконцентрирована в основном в центральных и северных областях России. Встречается также вариант Четвертушков, но он менее характерен: суффикс «-ов» обычно присоединялся к основам на твёрдый согласный, а «-ин» — к основам на -а/-я. Таким образом, написание Четвертушкин точнее отражает исходное прозвище.

В словарях XVIII–XIX веков фамилия не фиксируется среди дворянских родов, что косвенно указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Носители Четвертушкиных, скорее всего, были выходцами из среды, где прозвища давали по внешним признакам или бытовым мелочам, а не по родовитости.