Фамилия Чубарцева — женская форма фамилии Чубарцев. В её основе лежит прозвище Чубарец. Слово «чубар» в южнорусских говорах означало «рябой, пестрый, с пятнами». Так могли прозвать человека со следами оспы на лице, с веснушками или просто с неоднородным цветом кожи. Реже «чубарцем» называли коня пегой масти, и прозвище могло перейти на коневода или того, кто владел таким конём.

Модель образования фамилии типична для восточнославянского ономастикона: суффикс -ев- указывает на принадлежность («сын Чубарца»). Интересно, что в основе лежит не полная форма прилагательного «чубарный», а уменьшительное «чубарец». Такое суффиксальное оформление прозвища встречается реже, чем просто Чубар или Чубарый, что делает Чубарцевых относительно немногочисленным родом.

Встречается фамилия в основном в южных регионах России, на Дону и в бывших казачьих областях, где слово «чубар» было в ходу. В дореволюционных переписях Чубарцевы записаны и среди крестьян, и среди казаков — сословной привязки у фамилии нет. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от прозвищ, связанных с внешностью, разбираются как одни из самых древних и естественных для русской антропонимии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Чубаров — от полной формы «Чубар», Чубарев — от «Чубарь», а Чубарцев — именно от «Чубарец». Разница в суффиксе может говорить о разной местной традиции словообразования или о том, что прозвище закрепилось в конкретной семье в уменьшительной форме.