Фамилия Чубрины образована от прозвища или нецерковного имени Чубр. Основа здесь — слово «чуб», которое в русских говорах означало не только прядь волос, но и хохол, вихор, а также могло указывать на человека с заметной, торчащей шевелюрой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чубрин — это «сын Чубра» или «человек из семьи Чубра».

Форма Чубрин — типичная для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин распространены шире, чем на юге. Встречается она в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. По данным переписей XIX века, Чубрины чаще всего были государственными крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не известно.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «чубрый» — так в некоторых говорах называли хмурого, насупленного человека. Если это так, то Чубрин — потомок угрюмого или нелюдимого предка. Но прямое родство с «чубом» надёжнее: прозвища по внешним приметам давали чаще, чем по характеру.

Однофамильцы Чубриных — Чубаровы, Чубины, Чубуковы. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами. Чубрины — самая редкая из этих форм, что говорит о локальном бытовании прозвища Чубр, которое не превратилось в массовое имя.

Сейчас фамилия встречается редко, в основном в России и на востоке Украины. Написание с одной «н» — Чубрин — считается нормативным, форма Чубрины во множественном числе используется, когда говорят о всей семье или роде.