Фамилия Чужакин происходит от прозвища Чужак, которое на Руси давали пришлому человеку, нездешнему, тому, кто поселился на новом месте и отличался от местных говором, обычаями или происхождением. В основе лежит древнерусское слово «чуждый» — «чужой, иноземный, посторонний». Прозвище могло закрепиться за переселенцем из другого княжества, за беглым крестьянином, осевшим вдали от родины, или за человеком, который держался особняком, сторонился общины. Модель образования типична для русских фамилий: к основе Чужак- прибавили суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство. Чужакин буквально означает «сын Чужака» или «из семьи Чужака».

Интересно, что в отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые образовывались от названий профессий или отчеств на -а, -я, форма на -ин чаще встречалась в северных и центральных русских землях, особенно в Новгородской и Вологодской губерниях. Это косвенно указывает на возможную географию возникновения фамилии — регионы активных миграций и колонизации, где пришлый человек был заметен. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные прозвищные фамилии от «чужой» основы упоминаются как редкие, но устойчивые — они фиксируют социальный статус или восприятие человека в коллективе.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чужаков, Чуженин, Чужинов — показывает, что Чужакин стоит особняком из-за суффикса -ин. Если Чужаков образован от той же основы по модели «чей?» с -ов, то Чужакин несет более древний оттенок принадлежности к конкретному лицу. Спорных версий у этой фамилии немного: иногда Чужакиным могли назвать и человека, который носил прозвище Чужака не по происхождению, а по характеру — замкнутого, нелюдимого. Однако первая версия, с географической привязкой к переселенцам, выглядит убедительнее: прозвище «чужак» в документах XVI–XVII веков часто встречается именно в значении «новопоселенец».

Сословная принадлежность Чужакиных, скорее всего, была крестьянской или посадской. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована, а значит, предки были простыми людьми, чье прозвище закрепилось за родом без перехода в высшие слои. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в Центральной России и Поволжье, что подтверждает версию о происхождении из регионов, куда активно переселялись крестьяне в эпоху закрепощения и освоения новых земель.